Il Dipartimento MIFT è sede di tre corsi di Dottorato di Ricerca:

• Dottorato di Ricerca in Fisica (sede unica)
• Dottorato di Ricerca in Matematica e Scienze Computazionali in consorzio con le Università di Palermo (sede amministrativa dal XXXIII ciclo) e Catania
• Dottorato di Ricerca in “Advanced Catalytic Processes For Using Renewable Energy Sources” (ACCESS) dal XXXVI ciclo